El juego tiene lugar durante dos épocas, la contemporánea en el año 2012 y la Tercera cruzada en el año 1191. El jugador encarna el papel de Altaïr, un miembro de la secta de los Hashashin. Altaïr podrá viajar a través de tres ciudades: Jerusalén, Acre y Damasco, además de las zonas abiertas entre las ciudades, algunos pueblos, y la fortaleza de los Hashashin en Masyaf. Estas ciudades están habitadas por mucha gente, la cual reaccionará dependiendo de cómo el jugador controle a Altaïr. Por ejemplo, si vas caminando entre la multitud y apartas ligeramente a alguien no se producirá ningún efecto significativo. Si por el contrario, lanzas a una persona al suelo o le asesinas, la multitud reaccionará volviéndose contra ti. Igualmente, si empujas a alguien, esa persona te devolverá el empujón. Si escalas una pared, llamarás la atención de la muchedumbre y de los guardias; no obstante, subir por escaleras está socialmente aceptado. Inspirado por el Parkour, el protagonista podrá interactuar con el entorno escalando a los sitios más inimaginables, como edificios, balcones, muros, que les servirán para escapar de la gente. Mediante un sistema completamente interactivo (no hay movimientos predefinidos), Altaïr se agarra a cualquier saliente de más de dos pulgadas. El juego da libertad para vagar e interactuar por los escenarios y para elegir como matar a los demás personajes, sigilosamente con la cuchilla oculta o de forma más vistosa con espadas o armas de filo corto.