- El amoniaco (NH3) es un compuesto muy tóxico para la gran mayoría de los organismos. Los peces e invertebrados de agua dulce lo excretan directamente y también excretan urea. La urea da lugar en el medio a dos moléculas de NH3 y una de CO2. Así pues, finalmente está el amoníaco libre en el medio, sea en forma de NH3 o de NH4+ (amonio).

- Hay un primer grupo de bacterias que oxidan el amoníaco a nitrito (NO2).

- Otro grupo de bacterias se encarga ahora de oxidar los nitritos a nitratos (NO3).

- Mientras que el amoniaco y los nitritos son muy tóxicos para los animales, este nitrato ya no lo es tanto, aunque en altas concentraciones es perjudicial para los peces (frenando su crecimiento, por ejemplo). El nitrato sirve de abono para las plantas, por lo que la presencia de estas en el acuario ayudará a su limpieza. El exceso de nitrato lo eliminamos mediante los cambios periódicos parciales de agua.

- Niveles máximos tolerables:

Amoníaco...(NH3) 0,01 mg/litro

Amonio......(NH4) 50 mg/litro

Nitritos......(NO2) 0.25 mg/litro

Nitratos.....(NO3) 1000 mg/litro

- Al montar el acuario deberemos introducir unas pocas bacterias que puedes comprar con algún vendedor en Mercado Libre ó en tiendas especializadas de acuariofilia. Por eso hay que dejar madurar el acuario unas semanas, para dar tiempo a  las bacterias nitrificantes a que puedan reproducirse.

Para reproducirse, estas bacerias necesitan alimento, o sea, amoniaco. Como al principio prácticamente no hay al no haber peces, obtendremos una pequeña cantidad de bacterias. Al echar nuevos peces, al día siguiente tendremos un subidón de amoniaco (las pocas bacterias que había no dan abasto), luego éstas se reproducirán hasta que acabemos con muchas más de las que empezamos (notaremos que el agua se pone algo blanquecina: son las bacterias), y el nivel de amoniaco volverá a niveles mínimos, habiendo aumentado los de nitratos. Cada vez que añadamos peces sucederá este "subidón" de amoniaco hasta que se adapte la población bacteriana, de ahí que no se deban echar demasiados para que este aumento no sea letal